1964-65 Η Α.Ε.Λ. αγωνίζεται στη Β’ Εθνική και τερματίζει στην 5η θέση 64 βαθμούς. Στο Kύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά για να αποκλειστεί στη συνέχεια από τον Α’ γύρο.
1965-66 Η Α.Ε.Λ. τερματίζει στη 3η θέση του πρωταθλήματος της Β’ Εθνικής ισοβαθμώντας με 69 βαθμούς με τον Πανελευσινιακό. Στο Kύπελλο απογοητεύει καθώς αποκλείεται από τα τοπικά προκριματικά.
1966-67 Τερματίζει στη 10η θέση του πρωταθλήματος της Β’ Εθνικής με 62 βαθμούς. Στο Κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά και αποκλείεται στον επόμενο γύρο.
1967-68 Τερματίζει στη 14η θέση με 55 βαθμούς. Στο Κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά και αποκλείεται στον επόμενο γύρο.
1968-69 Τερματίζει στη 17η θέση με 60 βαθμούς. Με αναδιάρθρωση της Β’ Εθνικής και αύξηση των δύο ομίλων σε τρεις, η λαρισινή ομάδα διατηρείται στην κατηγορία. Στο Κύπελλο αποκλείεται ήδη από τα τοπικά προκριματικά.
1969-70 Τερματίζει στη 13η θέση με 63 βαθμούς. Στο Κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά για να αποκλειστεί όμως στον επόμενο γύρο.
1970-71 Τερματίζει σαφώς ενισχυμένη στην 4η θέση με 79 βαθμούς. Στο Κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά για να αποκλειστεί στον επόμενο γύρο.
1971-72 Τερματίζει στη 2η θέση με 96 βαθμούς χάνοντας την άνοδο την τελευταία στιγμή. Στο Κύπελλο αποκλείεται από τον Α’ γύρο. Από την περίοδο αυτή συμμετέχουν στη διοργάνωση μόνο οι επαγγελματικές ομάδες Α’ Β’ και Γ’ εθνικής.
1972-73 Τερματίζει στην 1η θέση με 98 βαθμούς και κερδίζει για πρώτη φορά στην ιστορία της την άνοδο στην Α’ Εθνική. Στο Κύπελλο αποκλείεται ξανά από τον πρώτο γύρο.
1973-74 Στην παρθενική της συμμετοχή στο πρωτάθλημα της Α’ εθνικής, τερματίζει στην 9η θέση με 32 βαθμούς. Στο Κύπελλο αποκλείεται τελικά στον γ’ γύρο.
1974-75 Τερματίζει 18η (τελευταία) με 17 βαθμούς και υποβιβάζεται ξανά στην Β’ εθνική. Στο Κύπελλο αποκλείεται στον α’ γύρο.
1975-76 Ξανά στο πρωτάθλημα της Β’ εθνικής, τερματίζει 5η με 42 βαθμούς. Στο Κύπελλο αποκλείεται στον γ’ γύρο.
1976-77 Τερματίζει 3η με 46 βαθμούς. Στο Κύπελλο αποκλείεται από τον α’ γύρο.
1977-78 Τερματίζει 1η με 59 βαθμούς μετά την τελευταία ιστορική νίκη επί του Μακεδονικού στη Νέα Ευκαρπία με 4-1, μπροστά σε χιλιάδες Λαρισαίους εκδρομείς. Η ΑΕΛ επιστρέφει θριαμβευτικά στη μεγάλη κατηγορία για να μείνει 18 χρόνια. Στο Κύπελλο αποκλείεται στο γ’ γύρο.
1978-79 Με την επιστροφή της στην Α’ Εθνική, τερματίζει 12η με 29 βαθμούς. Στο Κύπελλο αποκλείεται από τον πρώτο γύρο.
1979-80 Τερματίζει στην 8η θέση με 34 βαθμούς. Στο Κύπελλο, για πρώτη φορά φτάνει μέχρι τα προημιτελικά του θεσμού, όπου αποκλείεται από την Καστοριά.
1980-81 Τερματίζει στην 6η θέση με 37 βαθμούς. Στο Κύπελλο αποκλείεται από τον α’ γύρο.
1981-82 Τερματίζει στην 10η θέση με 31 βαθμούς. Στο Κύπελλο, για πρώτη φορά στην ιστορία της φτάνει μέχρι τον τελικό. Στις 19/6/1982 στο γήπεδο της Νέας Φιλαδέλφειας αντιμετωπίζει τον Παναθηναϊκό με την συμπαράσταση 5.000 οπαδών της. Τελικά χάνει με 1-0, αλλά στέλνει το μήνυμα για όλα αυτά που έμελλε να επακολουθήσουν.
1982-83 Καθιερώνεται η μεγάλη Α.Ε.Λ σε ολόκληρη τη φίλαθλη Ελλάδα. Τερματίζει 2η με 45 βαθμούς και εξασφαλίζει για πρώτη φορά στην ιστορία της την έξοδό της στην Ευρώπη με τη συμμετοχή της στο Κύπελλο UEFA. Στο Κύπελλο, όμως, αποκλείεται άδοξα από τον α’ γύρο.
1983-84 Τερματίζει στην 6η θέση με 32 βαθμούς. Στην πρώτη της συμμετοχή στο κύπελλο UEFA, αποκλείεται από την ουγγρική Χόνβεντ (2-0 στο Αλκαζάρ και ήττα με 3-0 στην Ουγγαρία στην παράταση). Στο θεσμό του Κυπέλλου φτάνει για δεύτερη φορά στην ιστορία της μέχρι τον τελικό όπου βρίσκει ξανά αντιμέτωπο τον Παναθηναϊκό στις 6/6/1984 στο ΟΑΚΑ. Χάνει με 2-0 μετά από μέτρια εμφάνιση, εξασφαλίζει, όμως, ξανά την έξοδό της στην Ευρώπη με τη συμμετοχή της στο Κύπελλο Κυπελλούχων.
1984-85 Τερματίζει στην 6η θέση με 35 βαθμούς. Η πορεία της, όμως, στο Κύπελλο Κυπελλούχων κάνει όλο το φίλαθλο κόσμο να παραμιλά. Στον α’ γύρο αφήνει εκτός θεσμού την ουγγρική Σιόφοκ (1-1 στην Ουγγαρία, 2-0 στο Αλκαζάρ). Δεύτερο θύμα της η φημισμένη ελβετική Σερβέτ (2-1 στο Αλκαζάρ, 0-1 στο Σαρμίγ). Στα προημιτελικά του θεσμού η Α.Ε.Λ. αποκλείεται άδοξα και άτυχα από τη Δυναμό Μόσχας (0-0 στο Αλκαζάρ και ήττα με 1-0 στο στάδιο της Τιφλίδας). Αυτό, όμως, που σημαδεύει τη συγκεκριμένη περίοδο είναι η κατάκτηση του πρώτου τίτλου της μεγάλης Α.Ε.Λ. Στις 22/6/1985 στο ΟΑΚΑ η Λάρισα, διαλύει τον πρωταθλητή εκείνης της χρονιάς, ΠΑΟΚ με 4-1 στον τελικό και στέφεται Κυπελλούχος Ελλάδας.
1985-86 Τερματίζει στην 8η θέση με 30 βαθμούς. Στο Κύπελλο αποκλείεται από τον πρώτο γύρο. Στην τρίτη έξοδό της στην Ευρώπη – για δεύτερη φορά στο Κύπελλο Κυπελλούχων – αντιμετωπίζει την ιταλική Σαμπντόρια, ένα από τα ευρωπαϊκά μεγαθήρια εκείνης της εποχής και αποχωρεί με αξιοπρέπεια πραγματοποιώντας δύο σπουδαίες εμφανίσεις (1-1 στο Αλκαζάρ και ήττα με 1-0 στην Ιταλία).
1986-87 Τερματίζει στην 9η θέση με 25 βαθμούς. Στο Κύπελλο φτάνει μέχρι τα προημιτελικά, όπου αποκλείεται από τον πολύ ισχυρό τότε, Ηρακλή.
1987-88 Η περίοδος που έχει σημαδέψει για πάντα την ιστορία της Α.Ε.Λ. με το μεγαλύτερο επίτευγμά της: Πραγματοποιώντας μια ξέφρενη κούρσα που την κράτησε πρώτη από την αρχή του πρωταθλήματος μέχρι την τελευταία αγωνιστική κατακτά τον τίτλο της Πρωταθλήτριας Ελλάδας, γράφοντας ιστορία στο ελληνικό ποδόσφαιρο όντας η πρώτη και μοναδική ομάδα της περιφέρειας που το κατάφερε. Την Πρωτομαγιά του ‘88 η Α.Ε.Λ. εξασφαλίζει μαθηματικά τον τίτλο κερδίζοντας τον Ηρακλή με 1-0 στο Αλκαζάρ με το ασύλληπτο ιστορικό γκολ του Γιώργου Μητσιμπόνα. Το πέρας και της τελευταίας αγωνιστικής με το 0-0 της Α.Ε.Λ. στην Τούμπα κόντρα στον Π.Α.Ο.Κ. τη βρίσκει τελικά πρώτη με τη συνολική συγκομιδή των 43 βαθμών.
Εκείνη η ιστορική Πρωτομαγιά του ’88, που έβαψε ολόκληρη τη θεσσαλική πρωτεύουσα βυσσινί με τους πανηγυρισμούς του υπέροχου κόσμου της και άλλαξε ολόκληρη την ιστορία του ελληνικού ποδοσφαίρου, άφηνε πίσω της και μια περίεργη ιστορία προσπάθειας «αρπαγής» του τίτλου από την κορυφαία τότε ελληνική ομάδα. Στις 16-3-88 ανακοινώθηκε από τον αθλητικό δικαστή η απόφαση να αφαιρεθούν από την Α.Ε.Λ. 4 βαθμοί χαρακτηρίζοντάς την συνυπεύθυνη για το “ντοπάρισμα” του Τσίγκωφ (είχε βρεθεί θετικό το δείγμα των ούρων του ως προς την ουσία κοδεϊνη στον έλεγχο που έγινε μετά τον αγώνα με τον Παναθηναϊκό στις 27-12-87).
Η απόφαση που αφορούσε υπόθεση φαρμακοδιέγερσης ενός ποδοσφαιριστή με κατασταλτική(!) ουσία, η οποία μάλιστα δεν συμπεριλαμβανόταν στην επίσημη λίστα των απαγορευμένων ουσιών της Δ.Ο.Ε., ξεσήκωσε τη μεγάλη μάζα του κόσμου της, που υπερασπίστηκε την ομάδα τη στιγμή που το χρειάστηκε. Οι κινητοποιήσεις του κόσμου αποκλείουν την εθνική οδό Αθήνας –Θεσσαλονίκης και τη σιδηροδρομική γραμμή. Η Ελλάδα κόβεται στα δύο και όλοι οι υγιείς Έλληνες φίλαθλοι συμπαραστέκονται στον αγώνα της Α.Ε.Λ. και του κόσμου της κόντρα στο ποδοσφαιρικό κατεστημένο. Τελικά κάτω από τη μεγάλη πίεση αλλάζει το επίμαχο άρθρο 32 του ΚΑΠ στις 21/3/1988 και οι ομάδες που ποδοσφαιριστές τους βρέθηκαν ντοπαρισμένοι τιμωρούνται πια μόνο με χρηματικό πρόστιμο. Αποδίδεται δικαιοσύνη και η Α.Ε.Λ. με τους αγώνες της μέσα στα γήπεδα κατακτά τον τίτλο. Κλείνοντας την αναφορά στη «χρυσή χρονιά» της μεγάλης Α.Ε.Λ. της δεκαετίας του ’80 , στο θεσμό του Κυπέλλου η πρωταθλήτρια φτάνει μέχρι τα ημιτελικά όπου αποκλείεται από τον Παναθηναϊκό.
1988-89 Τερματίζει στην 6η θέση με 34 βαθμούς. Στο Κύπελλο φτάνει μέχρι τα ημιτελικά όπου αποκλείεται από τον Πανιώνιο. Στη συμμετοχή της στο Κύπελλο Πρωταθλητριών αντιμετωπίζει άλλη μία φημισμένη ελβετική ομάδα, την Ξαμάξ, χωρίς να καταφέρει να επαναλάβει το έπος της Σερβέτ. Κερδίζει στο Αλκαζάρ με 2-1, όμως χάνει με το ίδιο σκορ στην Ελβετία παρά την εκπληκτική της εμφάνιση και τελικά αποκλείεται άδοξα στα πέναλτι με 3-0.
1989-90 Τερματίζει στην 8η θέση με 34 βαθμούς. Στο θεσμό του Κυπέλλου φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται από τον Απόλλωνα Αθηνών.
1990-91 Τερματίζει στη 12η θέση με 29 βαθμούς. Για πρώτη φορά μετά από πολλά χρόνια κινδυνεύει με υποβιβασμό και τον αποφεύγει μετά από εκπληκτική πορεία στο δεύτερο γύρο. Στο θεσμό του Κυπέλλου φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται από τον ΠΑΟΚ.
1991-92 Τερματίζει στην 8η θέση με 31 βαθμούς. Στο Κύπελλο αποκλείεται από την φάση των ομίλων. Η περίοδος της παρακμής έχει αρχίσει…
1992-93 Τερματίζει στην 7η θέση με 43 βαθμούς. Στο θεσμό του Κυπέλλου, κάνοντας μια αρκετά καλή πορεία, φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται άδικα και άδοξα από την ΑΕΚ.
1993-94 Τερματίζει στη 10η θέση με 42 βαθμούς. Στο θεσμό του Κυπέλλου φτάνει ξανά μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται πάλι από την ΑΕΚ.
1994-95 Τερματίζει στην 11η θέση με 40 βαθμούς. Η συνεχιζόμενη παρακμή προκαλεί ανησυχία στον κόσμο, ο οποίος σιγά-σιγά εγκαταλείπει την ομάδα ενώ αρχίζουν να διαφαίνονται και τα χειρότερα που θα επακολουθήσουν. Παρ’ όλα αυτά στο θεσμό του Κυπέλλου πραγματοποιεί εξαιρετική πορεία φτάνοντας μέχρι τα προημιτελικά, αλλά δεν κατορθώνει να ξεπεράσει το εμπόδιο του Εδεσσαϊκού.
1995-96 Είναι μία από τις χειρότερες στην ιστορία της Α.Ε.Λ. Η ομάδα συγκεντρώνει μόλις 34 βαθμούς και τερματίζει στην 16η θέση που την οδηγεί πίσω στην Β’ Εθνική κατηγορία. Συμπληρωματικά, στο θεσμό του Κυπέλλου η ομάδα αποκλείεται στον β’ γύρο.
1996-97 Στο πρωτάθλημα Β’ Εθνικής πια, τερματίζει στην 6η θέση με 55 βαθμούς. Στο θεσμό του Κυπέλλου αποκλείεται από τα προκριματικά.
1997-98 Τερματίζει στην 9η θέση του πρωταθλήματος Β’ Εθνικής με 46 βαθμούς. Στο θεσμό του Κυπέλλου αποκλείεται από τον α’ γύρο.
1998-99 Τερματίζει στην 8η θέση του πρωταθλήματος Β’ Εθνικής με 46 βαθμούς. Στο θεσμό του Κυπέλλου προχωρά μέχρι τους «16». Μια οικονομική εκκρεμότητα κηλιδώνει την ιστορία της ομάδας στερώντας της το δικαίωμα να αγωνιστεί εκτός έδρας με αντίπαλο τον Παναιτωλικό.
1999-00 Η ομάδα αλλάζει χέρια. Το οικοδόμημα της νέας Α.Ε.Λ. ξεκινά με μεγάλες υποσχέσεις, σεβαστό οικονομικό άνοιγμα του νέου ιδιοκτήτη αλλά και τεράστιες επιφυλάξεις. Μετά από μια περιπετειώδη σεζόν η ομάδα τερματίζει 6η με 55 βαθμούς, ενώ στο θεσμό του Κυπέλλου είχε αποκλειστεί από τα προκριματικά. Οι ομαδικές προσφυγές άνοιξαν μια μεγάλη πληγή.
2000-01 Ξεκινάει με τους χειρότερους οιωνούς. Η ομάδα καλύπτει τις ελλείψεις με λύσεις ανάγκης λόγω χαμηλού προϋπολογισμού, ενώ διαδραματίζονται διάφορα σίριαλ αγοραπωλησίας. Η πιο μαύρη σελίδα της άλλοτε κραταιάς Α.Ε.Λ. ξετυλίγεται βασανιστικά και ρίχνει την ομάδα για πρώτη φορά στην ιστορία της στην Γ’ Εθνική, καθώς τερματίζει στην 15η θέση με 30 βαθμούς ενώ στο θεσμό του Κυπέλλου είχε αποκλειστεί από τα προκριματικά.
2001-02 Η ΑΕΛ συμμετέχει για πρώτη φορά στην ιστορία της στη Γ’ Εθνική. Τα προβλήματα δεν έπαψαν να υπάρχουν κι έτσι η ομάδα τερματίζει τελικά 7η και απογοητεύει. Στο Κύπελλο αποκλείεται από τον προκριματικό γύρο.
2002-03 Η ΑΕΛ φτάνει στο χειρότερο σημείο της ιστορίας της. Αγωνιζόμενη ξανά στη Γ’ Εθνική, ουσιαστικά ακέφαλη και χωρίς χρήματα, η Ερασιτεχνική – που ασκεί τη διοίκηση της ΠΑΕ – καλεί όσους παίχτες επιθυμούν να αγωνιστούν με τα βυσσινί χρώματα να έλθουν στην ομάδα, η οποία ξεκινά με –3 βαθμούς, αφού τιμωρείται και χάνει στα χαρτιά τον αγώνα της 1ης αγωνιστικής κόντρα στους Λύκους. Η πορεία της, όπως είναι φυσικό είναι κάκιστη και κινδυνεύει με υποβιβασμό. Στα μέσα της σεζόν ο Νίκος Σωτηρούλης αναλαμβάνει το οικονομικό βάρος και την επανίδρυση της ΠΑΕ. Η ομάδα μπαίνει σε καθεστώς ειδικής εκκαθάρισης και καταφέρνει να σωθεί την τελευταία αγωνιστική. Στο Κύπελλο αποκλείεται από τον α’ γύρο από την Ξάνθη.
2003-04 Η έναρξη της αναγέννησης της ομάδας. Το μεγαλύτερο μέρος των χρεών είναι παρελθόν, ενώ γίνονται μεταγραφές έμπειρων ποδοσφαιριστών, με στόχους πρωταθλητισμού. Μετά από έναν εξοντωτικό μαραθώνιο 38 αγωνιστικών, η ΑΕΛ τερματίζει 2η και να κερδίσει απευθείας την άνοδο στην Β’ Εθνική, έχοντας στο πλευρό της έναν υπέροχο φίλαθλο κόσμο που την ακολουθεί παντού… Στο Κύπελλο θα αποκλειστεί ξανά στον α’ γύρο από τον ΠΑΟΚ.
2004-05 H ΑΕΛ επιστρέφει στα μεγάλα σαλόνια του ελληνικού ποδοσφαίρου μετά από 9 ολόκληρα χρόνια στην πρώτη χρονιά της παρουσίας της διοίκησης του Κώστα Πηλαδάκη και με τον Γιώργο Δώνη στην τεχνική ηγεσία της ομάδας. «Σφραγίζει» την άνοδο στην Α’ Εθνική με την ισοπαλία στην Καστοριά και στέφεται πρωταθλήτρια στη φιέστα της τελευταίας αγωνιστικής στο Αλκαζάρ με αντίπαλο στην Προοδευτική (3-1). Στο Κύπελλο φτάνει μέχρι τους «8», αλλά αποκλείεται από την Ξάνθη.
2005-06 Η επιστροφή των «βυσσινί» στη μεγάλη κατηγορία συνοδεύεται από μια άκρως επιτυχημένη παρουσία. Με συγκομιδή 39 βαθμών τερματίζει στην 8η θέση και εξασφαλίζει το ευρωπαϊκό εισιτήριο για το Ιντερτότο, για πρώτη φορά μετά από 18 χρόνια. Στο Κύπελλο Ελλάδος κάνει ένα βήμα παραπάνω σε σχέση με την προηγούμενη χρονιά φτάνοντας μέχρι τους «4» της διοργάνωσης, όπου αποκλείεται με ψηλά το κεφάλι από τον Ολυμπιακό μετά από δύο πολυσυζητημένους ημιτελικούς.
2006-07 ΑΕΛ «Βασίλισσα Ξανά». Στις 5 Μαϊου του 2007 στο Πανθεσσαλικό η ΑΕΛ γράφει ξανά «χρυσή σελίδα» κατακτώντας μετά από 22 ολόκληρα χρόνια το Κύπελλο Ελλάδος. Η νίκη στον τελικό επί του Παναθηναϊκού με σκορ 2-1 χάρη σε γκολ των Γιόζεφ Κόζλεϊ και Ανρί Αντσουέ δημιουργεί ένα νέο μεγάλο σημείο αναφοράς στην πορεία της ομάδας και αποτελεί το οριστικό πιστοποιητικό ότι η ΑΕΛ επέστρεψε στην ελίτ του ελληνικού ποδοσφαίρου.
Η πόλη… γκρέμισε τα τείχη της για να υποδεχτεί τους Κυπελλούχους, οι οποίοι λίγες ώρες νωρίτερα είχαν οδηγήσει την ΑΕΛ στον 3ο τίτλο της ιστορίας της. Η πομπή του θριάμβου για την αποθεωτική υποδοχή της «Βασίλισσας», με χιλιάδες Λαρισαίους να ακολουθούν την αποστολή της ομάδας από το Βόλο κι άλλους τόσους να ξεχύνονται στους δρόμους της πόλης, είχε πρώτο σταθμό το Αλκαζάρ, που άνοιξε της πύλες του για τον δεύτερο γύρο του θριάμβου των μεγάλων πρωταγωνιστών.
Ακολούθησε νέα φιέστα στην Κεντρική Πλατεία της πόλης με τους ποδοσφαιριστές, το προπονητικό τιμ και τη διοίκηση να σηκώνουν ξανά το βαρύτιμο τρόπαιο παρουσία των επίσημων αρχών της πόλης μπροστά σε μια λαοθάλασσα κόσμου, σε μια γιορτή που ξύπνησε μνήμες περασμένων δεκαετιών… Στο πρωτάθλημα μετά από μια μέτρια παρουσία με πολλά άτυχα αποτελέσματα στον β’ γύρο η ΑΕΛ κινδυνεύει και τελικά μια εβδομάδα μετά τη στέψη της στο Πανθεσσαλικό εξασφαλίζει την παραμονή με την εκτός έδρας νίκη επί του Απόλλωνα Καλαμαριάς.
2007-08 Μια από τις πιο επιτυχημένες στην 44χρονη διαδρομή της ΑΕΛ στο ελληνικό ποδόσφαιρο. Μια σεζόν με έντονο άρωμα δεκαετίας του ’80. Η «Βασίλισσα» συμμετέχει στους ομίλους του UEFA βγάζοντας νοκ άουτ στους προκριματικούς την αγγλική Μπλάκμπερν, τερματίζει το πρωτάθλημα αήττητη στο Αλκαζάρ και κατακτά την 6η θέση στη Super League με την 3η καλύτερη συγκομιδή βαθμών στην ιστορία της.
2008-09 Παραμένοντας επί 13 σερί αγώνες αήττητη η ΑΕΛ του Μαρίνου Ουζουνίδη τερματίζει στην 5η θέση της Super League, εξασφαλίζει την είσοδό της στα πλέι οφ και την ευρωπαϊκή έξοδο (στο UEFA EUROPA LEAGUE) για 3η φορά τα τελευταία 4 χρόνια και για μόλις 3η φορά στην ιστορία της μέσω πρωταθλήματος. Είναι μια χρονιά στην οποία η ΑΕΛ – εκτός των άλλων – κατέρριψε δυο παραδόσεις κερδίζοντας στο «Καυτανζόγλειο» τον Ηρακλή για πρώτη φορά μετά από το 1982 και τον Ολυμπιακό στο «Γ. Καραϊσκάκης» μετά από 26 χρόνια.
2009-10 Η αλλαγή προπονητή, το μεγάλο σοκ με αιφνίδιο χαμό του Αντόνιο Ντε Νίγκρις και τα πολλά αγωνιστικά προβλήματα σε ένα αποδυναμωμένο ποιοτικά ρόστερ βάζουν την ΑΕΛ σε μεγάλες περιπέτειες. Ο αποκλεισμός από την αδύναμη KR της Ισλανδίας για το Κύπελλο UEFA είναι το πρώτο σοβαρό πλήγμα. Οι «βυσσινί» φλερτάρουν με τον υποβιβασμό και τελικά σώζονται στο παρά ένα με 5 νίκες στα 7 τελευταία ματς του πρωταθλήματος, έχοντας στον πάγκο τους τον Γιάννη Παπακώστα.
2010-11 Η χαρά της μετακίνησης στο δικό της γήπεδο, το AEL FC ARENA (το Νοέμβριο του 2010), μετατρέπεται σύντομα σε κατήφεια και προβληματισμό. Το ανελέητο κυνηγητό από τη διαιτησία σε συνδυασμό με τα πολλά αγωνιστικά προβλήματα, την αδυναμία ποιοτικών παικτών να ανταποκριθούν στις προσδοκίες και τις αλλεπάλληλες αλλαγές στο πόστο του προπονητή (Παπακώστας, Κατσάρας, Άντερσεν, Κωστένογλου), οδηγούν μαθηματικά την ΑΕΛ στον εφιάλτη του υποβιβασμού. Οι «βυσσινί» τερματίζουν προτελευταίοι με συγκομιδή μόλις 25 βαθμών.
2011-12 Η προσπάθεια για άμεση επάνοδο στη μεγάλη κατηγορία πέφτει στο κενό, παρά το γεγονός ότι το ξεκίνημα – με τον Ουαλό τεχνικό Κρις Κόουλμαν στον πάγκο και αρκετούς ποιοτικούς ποδοσφαιριστές στο ρόστερ – προδιέθετε για κάτι διαφορετικό. Μέχρι τον Ιανουάριο η ΑΕΛ βρίσκεται σε τροχιά ανόδου, αλλά η φυγή του προπονητή και οι αποχωρήσεις βασικών παικτών αποδεικνύονται καθοριστική παράγοντες στην αγωνιστική πορεία της ομάδας, που αρχίζει να φθίνει οδηγώντας την ομάδα στην 10η θέση της τελικής κατάταξης με 43 βαθμούς, 14 πίσω από την προνομιούχο 6η θέση που οδηγεί στα πλέι οφ.
2012-13 Η ΑΕΛ μπαίνει στο πρωτάθλημα με χαμηλό προφίλ, αλλά τον Ιανουάριο με την αλλαγή προπονητή (Τίμος Καβακάς στη θέση του Μιχάλη Ζιώγα) αποκτά προφίλ διεκδικήτριας. Τα συνεχόμενα νικηφόρα αποτελέσματα το δίμηνο Ιανουάριος-Φεβρουάριος φέρνουν την ομάδα σε θέση ανόδου. Όμως, η ΑΕΛ λυγίζει από τις σοβαρές απουσίες λόγω τραυματσιμών σημαντικών παικτών της και χάνει το τρένο της Super League. Τερματίζει στην 9η θέση με 63 βαθμούς, 10 λιγότερους από τον 5ο Παναιτωλικό που μπήκε ως τελευταίος στα πλέι οφ. Με τη λήξη του πρωταθλήματος επιβάλλεται στην ομάδα ποινή αφαίρεσης 21 βαθμών λόγω ανεκπλήρωτων οφειλών προς ποδοσφαιριστές. Ακολουθεί η απόφαση για μη δήλωση συμμετοχής στο πρωτάθλημα της Football League της επόμενης σεζόν, γεγονός που σημαίνει αυτόματα τον υποβιβασμό της ΑΕΛ στην ερασιτεχνική Γ’ Εθνική κατηγορία.
2013-14 Η ΑΕΛ υπό τη διοίκηση του Σωματείου και με τη χρηματοδότηση του Βαγγέλη Πλεξίδα αναδεικνύεται πρωταθλήτρια του 2ου ομίλου της Γ’ Εθνικής συγκεντρώνοντας 73 βαθμούς και προβιβάζεται στη Football League. Ταυτόχρονα κατακτά το Κύπελλο της Γ’ Εθνικής νικώντας 2-1 τον Πανελευσινιακό στον τελικό της Λιβαδειάς, όπως και το Σούπερ Καπ Ερασιτεχνών (2-1 τον Πανερυθραϊκό στην Άμφισσα)
